Le microscope est utilisé pour étudier les structures présentes. Ce sont les caractères de ces structures qui complètent l’étude macroscopique et permettent la détermination.
Sont étudiées:
– les hyhes : filaments constitutifs des champignons
-les basides: Cellules qui portent les spores
-les cystides : cellules stériles de forme très variées parfois ornées de cristaux
-les spores.
Des réactifs permettent de mettre en évidence les structures